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在bioinformatyce ，调整的顺序是一种匹配的主要结构的DNA ， RNA ，蛋白质或查明的地区并行显示，这可能是一个后果，功能，结构，或进化关系的序列。 排列的核苷酸序列或氨基酸通常是在一个矩阵列。 其余进入中间休息，权利，其余的序列类似的每个其他形式下一栏。
匹配序列，在附近的援助计划ClustalW ，两个人的蛋白质与锌指序。 （图片：锌指序列， alignment2.png ）
如果夫妻相匹配序列有共同的祖先，错位可以解释为点突变，并休息，作为indele （突变或删除insercji ） ，其中发生在一个或两个线时两套poskromiony分裂。 如果匹配序列的蛋白质，氨基酸中等量的相似性涉及的具体项目，该案件设立了一个衡量原油的保守不固定或奖励。 剥夺或替代唯一出席保守的替代（即转换到另一个休息，但类似的化学性质）在某一特定序列的区域表明，它是重要的结构或功能。 匹配的序列大概是被用来保存序列的生物，比如财务数据或序列中发现自然语言。
很短的或非常相似序列可能是相应的手。 不过，很多时候是要适合了一些非常漫长和变量序列，不能只在有针对性的，只有人的努力。 作为回报，应变插入操作系统的算法，使高品质的比赛，或引进的修正案获得的输出结果（特别是在核苷酸序列） 。 一般来说，计算方法匹配序列可分为两类：全球匹配和地方匹配。 计算的本地比赛是一种形式的全局优化，它必须保持在适宜拥抱整个延伸的所有序列分析。 与此相反，调整的地方找出类似地区的长序列，其中-作为一个整体考虑-不一定uz ewnętrzniać重要的相似之处。 比赛通常是首选的地方，虽然他们的法案可能更为困难，因为更多的挑衅，确定区域的遵守。 各种algorymy被用来序列比赛，其中包括一个缓慢的，但正式优化方法，同时规划一个动态的，也是有效的启发式杜鹃probablistyczne用于范围广泛的全面搜索的数据库。
目录
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本方法的
比赛往往是既生动，当和格式化文本。 在几乎所有的方式提出一个匹配的序列存储在行，确实安排其余的比赛形式下一个栏。 格式文本，匹配列载有相同或podobe符号（其他）是印花税标志着konserwatywności具体数额。 当在图片上方的环（ ewnentualnie竖线“我” ）的使用，以追踪的身份两国之间的序列在一个特定的位置;较少使用的符号是冒号告诉保守的替代和疙瘩的podstawień semikonserwatywnych 。 无数的节目wizualizujących使用彩色序列的个人尊严内容的顺序。 在DNA和RNA归结为转让的每一个nukleotydowi其他颜色。 在dopasowniach序列的蛋白质，而rycinie行动，色彩常常被用来oznczenia性能的氨基酸，更易于评估konserwatywności的替代。 在多个匹配的序列，往往是最后一行序列konsensusową ;字符串konsensusowa也往往显示的形式，连续的品牌，在该口径每个核苷酸或者氨基酸测定字母对应到一定程度的维护。
匹配的序列可以存储在各种文件，文本格式，其中niemiara开发结合特定的程序以适应。
符合全球和地方
说明全球和地方匹配，显示出在dopasowaniach打破全球可能作为序列没有得到充分的相似
赛事在全球范围，包括一个完整的个人资料的所有序列，是最有益的，因为编制序列的相似和类似的部分。 （这并不意味着，尽管这可能不匹配的全球结束中断） 。 一般科学技术的全球比赛被称为模式Needlemana ，文施，是基于动态规划。 地方匹配力度是有益的序列，并没有表现出更大的相似性的全部，因为有一个怀疑载有类似的subsekwencje杜鹃motywy.Algorytm史密斯Watermana是一般技术的地方匹配，基于动态规划。 如果序列的类似不够，比赛结果全球和地方一级的是相同的。
混合的方法，被称为semiglobalne试图发现可能的最佳适宜性，包括第一条规则和崩溃的一方或另一方的序列。 他们可以是非常有用的，而荣誉3 '端的一个序列的一部分， 5 '端的第二序列。 在这种情况下，既不全球地方适当，也不是完全适当的方法为全球starałoby胁迫匹配控制该地区以外的地区重叠的过程中，当地的比赛不能完全覆盖区域的重叠。
适应了序列
该方法的匹配序列是用来寻找最佳匹配的地方或全球性的两个序列分析。 这些方法可用于匹配的两个平行的序列，但其计算方法是表现良好，并常常被用来当不需要高精确度（例如，在搜索数据库中的序列具有重大homologii条件的序列。三个主要比赛办法由序列点阵方法，规划和动态方法的“ K ” -行（方法的基础上的话） 。方法匹配许多序列可以使用符合标准杆。在任何情况下，任何方法都有其薄弱强有力的和周围地区，所有的三场比赛由一个序列的方法可能有困难repetytywnymi序列低海量的信息-尤其是当量的重复这两个序列是不同的。之一的方法来表达的定量u żyteczneości的比赛对序列的最高独特的比赛' ，又名最长subsekwencja ，其中发生在这两个匹配的序列。长远通常反映了密切的关系。
该方法的点阵
DNA的散点图载transkrypcyjnego人为因素造成锌指（序列编号NM_002383 ） ，说明区域samopodobieństwo 。 主要对角线调整本序列本身;线不论其本repetetywne类似的模式可能的顺序。
点阵式，提供家庭比赛为每一个区域的序列，是一个简单的简单定性的办法，然而，结果切割进行大规模的时间。 一些功能序列-当插入，删除重复的简单扭转杜鹃花-很容易看到的图形点阵显示。 建设这样一个可视化，拯救我们的两个序列，由于在第一行和第一列，二维矩阵矩阵。 在相应的相同/类似的立场在这两个序列是处于疙瘩。 一些实现区分直径或强度的圆点之间的关系的相似程度在各自的立场，这是允许的替代区分高，较为保守。 在序列非常相似的矩阵点排列在一条直线旁边的主要空间。
这种矩阵可能成为用来估计repetytywności单一序列。 在那个时候，同样的字符串保存在第一行/列，以及地区的一个重要的相似性之外，主要线路将形成一个可见的。 在这种情况下我们所面临的，当蛋白质是由许多类似的结构域。
动态规划
该技术的动态规划大概是用来比赛的全球项目Needlemana ，文施，地方匹配的时间表由史密斯Watermana 。 通常情况下，匹配使用国土蛋白替代，包括合作相同的氨基酸和各种替代了比赛，并罚款休息，即相似的氨基酸序列从一个przwerwą在第二。 匹配的DNA和RNA可以养活他国的童年岁月，但往往只是由于成本dopasowaniom是积极的，消极的niedopasowanio ，上述规定是休息。
动态规划可能是有用接近的核苷酸序列的蛋白质序列，阻碍了义务可能突变造成的改变读码框架（插入或删除） 。 方法framesearch创造了一系列全球或地方匹配的序列-核苷酸序列中提供的查询和检索的蛋白质序列，反之亦然。 不管怎么说，这个程序非常缓慢，这是有益的序列含有indeli珍惜，这大概是非常难以适应当你准备使用的高利率，有效的方法启发。 在实践中，这种方法需要一个大国或obliczniowej系统，该系统的目的是规划的动态。
脚注
- ↑施耐德的TD ，斯蒂芬斯产品。 序列标识：一种新的方式来显示解决序列。 核酸研究杂志。 1990年，第18 ， 6097-6100 。 。 DOI编号： 10.1093/nar/18.20.6097 。 PMID 2172928 。
- ↑肮脏的男，马尔达西，阿Poliakov ，在CB认证，库罗讷澳， Dubchak我Batzoglou美国本土化路线：找到排在对齐。 生物信息学。 2003年， 19增刊1 ， i54 - 62 。 。 DOI编号： 10.1093/bioinformatics/btg1005 。 PMID 12855437 。
- ↑山马克。 ：生物信息学：基因组序列分析与第二版.. 冷泉港实验室出版社：冷泉港，美国纽约。 ， 2004年。 书号0-87969-608-7 。
