Phần này đòi hỏi phải tốt chỉnh phù hợp với những kiến nghị edycyjnymi.
Nhu cầu để cải thiện: không hoàn hảo inciting các en.wiki, niepolskie ghi chú cuối, không phải của văn bản.
Thêm thông tin chi tiết về những gì cần phải cải thiện, được các trường hợp có thể được tìm thấy trên trang thảo luận của bài viết này trong mỹ chỉnh
Sau khi bạn đã gotten out imperfections trong đầu trang, xin vui lòng không cho phép các mô hình (()) trim từ mã của bài viết này.
Trong bioinformatyce, để điều chỉnh các chuỗi là một cách để phù hợp với chính cơ cấu của DNA, RNA, hoặc protein để xác định khu vực hiển thị parallelism, trong đó có thể là một hậu quả của chức năng, cơ cấu, hoặc evolutionary mối quan hệ giữa dãy. Sắp xếp dãy của tử hay axit amin thường được trình bày trong một ma trận hàng. Phần còn lại được nhập vào ở giữa một break, ngay rằng phần còn lại của chuỗi tương tự nhau để tạo thành cột tiếp theo.
Phù hợp với trình tự, ở vùng lân cận của các chương trình hỗ trợ ClustalW, hai con người với protein ngón tay kẽm motif. (Hình ảnh: Kẽm-finger-seq-alignment2.png)
Nếu các cặp vợ chồng phù hợp với trình tự có chung tổ tiên, mismatches có thể được giải thích như điểm mutations, và các vi phạm như indele (mutation hoặc xóa tài khoản của insercji), trong đó xảy ra một hoặc hai dòng thời gian từ khi cả hai bộ poskromiony những tán. Trong trường hợp phù hợp với trình tự của protein, axit amin giữa khối lượng tương tự tham gia một mục cụ thể, trong trường hợp thành lập một thô thước đo của nơi thủ không phải là cố định hay ưu đãi, khuyến khích. Deprivation của hoặc thay thế tham dự chỉ thay thế thủ (tức là phần còn lại để chuyển đổi khác, nhưng với tính tương tự hóa chất) tại một chuỗi cụ thể của khu vực gợi ý rằng điều quan trọng là structurally hoặc chức năng. Phù hợp với một chuỗi presumably được sử dụng để lưu các chuỗi sinh học, chẳng hạn như dữ liệu tài chính hoặc liên tục được tìm thấy trong tự nhiên, ngôn ngữ.
Rất ngắn hoặc rất tương tự dãy có thể phù hợp bằng tay. Nhưng nó rất thường xuyên là cần thiết để phù hợp một số rất dài và biến trình tự, mà có thể không được nhắm mục tiêu duy nhất tại khách sạn, và chỉ nỗ lực của con người. Đổi lại, những căng là nhét vào trong điều hành các thuật toán để kích hoạt chất lượng cao, phù hợp với, hoặc giới thiệu về sửa đổi để mà đạt được trong kết quả đầu ra (đặc biệt là trong trường hợp trình tự nucleotide). Nói chung, cách tiếp cận để tính toán phù hợp với trình tự có thể được của hai loại: toàn cầu và địa phương phù hợp với kết quả phù hợp. Tính toán phù hợp với các địa phương là một hình thức tối ưu hóa toàn cầu, mà phải được giữ trong toàn bộ phù hợp, bao căng của tất cả các phân tích dãy. Ngược lại, sự điều chỉnh của địa phương, xác định các khu vực tương tự trong chuỗi dài, mà - xem như một toàn thể - không nhất thiết phải tương uzewnętrzniać đáng kể. Phù hợp với địa phương, thường được ưa thích, mặc dù hóa đơn của họ có thể sẽ có khó khăn hơn bởi vì bổ sung của provocation quyết tâm của các khu vực để hiển thị tuân thủ. Algorymy khác nhau đã được sử dụng để phù hợp với trình tự, bao gồm cả một chậm, nhưng thức tối ưu hóa các phương pháp, trong khi một kế hoạch năng động, có hiệu quả heuristic cũng azalea probablistyczne được thiết kế cho một loạt các tìm kiếm toàn diện của các cơ sở dữ liệu.
Nội dung
/ /
Cách để trình bày các
Kết quả các trận đấu thường được trình bày cả hai graphically, khi nào và định dạng văn bản. Trong gần như tất cả các mặt một cách để phù hợp với trình tự được lưu trữ trong các hàng, tổ chức thực phần còn lại của các mẫu phù hợp với các cột tiếp theo. Các định dạng của văn bản, phù hợp với các cột chứa các biểu tượng giống hệt nhau hay podobe (phần còn lại) đang có con dấu đánh dấu konserwatywności xác định số tiền. Khi trong hình ở trên các bao vây (ewnentualnie dọc thanh "Tôi") được sử dụng, để theo dõi nhận dạng giữa hai dãy trong một vị trí; ít thường xuyên sử dụng các biểu tượng là những chấm để thay thế cho thủ và pimple trên podstawień semikonserwatywnych. Wizualizujących dãy số chương trình bằng cách sử dụng màu sắc đến phẩm giá của cá nhân của các yếu tố liên tục. Trong trường hợp của DNA và RNA luộc xuống để các giao nukleotydowi của mỗi màu khác. Trong dopasowniach sequence of protein, trong khi rycinie lên, màu sắc thường được sử dụng để oznczenia tài sản của axit amin, làm cho nó dễ dàng hơn để đánh giá các konserwatywności các substitutions. Trong trường hợp của nhiều phù hợp với trình tự, thường là dòng cuối cùng chuỗi konsensusową; chuỗi konsensusowa cũng thường xuyên được trình bày trong graphically sequential mẫu của thương hiệu, trong đó caliber của mỗi nucleotide hay axit amin quyết tâm chữ cái tương ứng với mức độ của bảo tồn.
Phù hợp với trình tự có thể được lưu giữ trong một loạt các tác phẩm trong định dạng văn bản, trong đó tại niemiara đã được phát triển trong cùng với một chương trình cụ thể để phù hợp với.
Phù hợp với toàn cầu và địa phương
Sơ đồ minh họa toàn cầu và phù hợp với địa phương, hiển thị một break trong dopasowaniach toàn cầu có khả năng để đứng như các dãy không có đủ tương tự
Phù hợp với toàn cầu, trong đó có một hồ sơ hoàn chỉnh của tất cả các trình tự, nhất là hữu ích, như trình tự được biên soạn tương tự và phần tương tự. (Điều này không có nghĩa là, mặc dù rằng có thể không phù hợp với toàn cầu kết thúc với interruptions). Chung của toàn cầu khoa học kỹ thuật phù hợp với khuôn mẫu được biết đến như Needlemana-Wunsch và là dựa trên năng động chương trình. Địa phương phù hợp với cường độ lớn hơn là hữu ích cho việc trình tự mà không hiển thị lớn hơn tương tự trong toàn bộ của họ, mà còn là một nghi ngại có chứa tương tự subsekwencje azalea motywy.Algorytm Smith-Watermana nói chung là một kỹ thuật cho phù hợp với các địa phương, năng động dựa trên chương trình. Trong trường hợp tương tự của một chuỗi đủ, phù hợp với kết quả của toàn cầu và cấp địa phương cũng như nhau.
Hỗn hợp phương pháp, được biết đến như là semiglobalne nỗ lực để khám phá tốt nhất có thể bao gồm cả hợp lý của các quy định đầu tiên và sụp đổ của một hoặc các liên tục. Họ có thể được vô cùng hữu ích, trong khi tôn vinh 3 'cuối cùng của một chuỗi trên một phần của 5' cuối cùng của dãy thứ hai. Trong trường hợp này, không toàn cầu cũng không phải là địa phương phù hợp đầy đủ các phương pháp thích hợp cho toàn cầu starałoby để phù hợp với coerce va li về khu vực ngoài các khu vực của chồng chéo, trong các khóa học của các địa phương có thể không phù hợp với đầy đủ bao gồm khu vực của chồng chéo lên nhau.
Thích ứng bởi một chuỗi
Các phương pháp phù hợp với trình tự do đang được sử dụng để tìm tốt nhất phù hợp với địa phương hoặc toàn cầu của hai phân tích dãy. Hai phương pháp này có thể được sử dụng để phù hợp với hai dãy song song, tuy nhiên họ tính toán là hoạt động tốt và thường được sử dụng khi không có nhu cầu cho độ chính xác cao (ví dụ, trong quá trình tìm kiếm trong cơ sở dữ liệu với một chuỗi đáng kể homologii điều khoản của dãy của chúng tôi. Ba chính để phù hợp với phương pháp tiếp cận theo trình tự của phương pháp chấm-ma trận, lập kế hoạch và phương pháp năng động "k" - hàng (phương pháp dựa trên các từ). phương pháp phù hợp với nhiều dãy có thể được thực hiện và được sử dụng để phù hợp với par. Trong sự kiện nào, bất kỳ của phương pháp này có những yếu kém mạnh mẽ và chung quanh, tất cả ba kết quả phù hợp bởi một chuỗi các phương pháp có thể gặp khó khăn repetytywnymi dãy với số lượng thấp của thông tin - đặc biệt là khi khối lượng repetitions trong hai dãy cũng khác nhau. Một trong những cách để thể hiện các użyteczneości lượng phù hợp với các cặp dãy là 'duy nhất phù hợp với tối đa', aka dài subsekwencja, mà xảy ra ở cả hai đối sánh dãy. gian thường phản ánh một mối quan hệ gần gũi hơn.
Các phương pháp chấm-ma trận
DNA dot âm mưu có chứa các nhân tố con người gây ra transkrypcyjnego kẽm ngón tay (GenBank NM_002383 ID), cho khu vực samopodobieństwo. The main diagonal sequence nay để điều chỉnh chính nó; dòng bất kể hiện tại repetetywne có thể là các mẫu tương tự trong dãy.
Dot-ma trận, cung cấp cho các gia đình phù hợp với từng khu vực của trình tự, đơn giản là một phương pháp đơn giản chất lượng, tuy nhiên, các kết quả của cắt trên một quy mô lớn là thời gian. Một số tính năng của các chuỗi - khi chèn, xóa, lặp lại của các đơn giản lại azalea - đang sẵn sàng nhìn đồ họa trên chấm-ma trận hình dung. Xây dựng một hình dung như vậy, tiết kiệm của chúng tôi hai dãy, do trong hàng đầu tiên và cột đầu tiên, hai chiều, ma trận ma trận. Trong tương ứng giống hệt nhau / các vị trí tương tự trong hai dãy được đặt tại khách sạn blotch. Một số triển khai phân biệt giữa các đường kính hoặc cường độ của dấu chấm trong mối quan hệ giữa các mức độ tương tự trong các vị trí tương ứng, được cho phép phân biệt substitutions cao hơn và ít hơn thủ. Trong trường hợp tương tự đáng kể trên chuỗi ma trận dấu chấm được sắp xếp trong một đường dây bên cạnh các chính không gian.
Ma trận như vậy có thể trở thành được sử dụng để ước tính repetytywności một dãy. Tại thời điểm đó, trong cùng một chuỗi được lưu trong hàng đầu tiên / cột, và các khu vực với một tương tự đáng kể ngoài các dòng chính sẽ xem một mẫu. Với tình hình như vậy, chúng tôi gặp phải, khi protein gồm nhiều cơ cấu tương tự tên miền.
Kế hoạch năng động
Các kỹ thuật năng động của chương trình presumably được sử dụng để phù hợp với dự án toàn cầu Needlemana-Wunsch, một địa phương phù hợp với lịch trình do Smith-Watermana. Thông thường, phù hợp với protein bằng cách sử dụng Nội thay thế, bao gồm cả hợp tác giống hệt nhau và axit amin khác nhau thay thế cho phù hợp với, và hình phạt cho vi phạm, tức là tương tự trong chuỗi axit amin từ một trong những przwerwą trong lần thứ hai. Phù hợp với DNA và RNA có thể nguồn cấp dữ liệu quốc gia năm tuổi thơ của mình, nhưng thường chỉ đơn giản quy cho chi phí của dopasowaniom là tích cực, phủ định niedopasowanio, như cung cấp ở trên là cho một break.
Năng động chương trình có thể hữu ích gần phù hợp với trình tự nucleotide của các protein trình tự, ngăn trở do có thể có nghĩa vụ cho các mutations gây ra một sự thay đổi của khung đọc (các chèn hoặc xóa). Framesearch phương pháp tạo ra một loạt các địa phương hoặc toàn cầu đối xứng trong một chuỗi - các nucleotide chuỗi cung cấp trong và yêu cầu tìm kiếm của các thiết lập của protein trình tự, hoặc ngược lại. Dù sao, thủ tục này là rất chậm, nó rất hữu ích cho các dãy có chứa indeli kho tàng, mà presumably được đặc biệt khó khăn để thích ứng khi bạn sẵn sàng để sử dụng trên các tỷ lệ khác cao hơn, hiệu quả của các phương pháp heuristic. Trong thực tế, phương pháp này đòi hỏi một chính quyền hoặc obliczniowej hệ thống, đó là hệ thống nhằm mục đích lập kế hoạch năng động.
Ghi chú cuối
- ↑ Schneider TD, Stephens RM. Sequence biểu tượng: một cách mới để hiển thị trình tự giải quyết. Nucleic axit Res. Năm 1990, 18, 6097-6100. . doi: 10.1093/nar/18.20.6097. PMID 2172928.
- ↑ bẩn M, Maldá S, A Poliakov, The CB, Couronne O, Dubchak Tôi Batzoglou S. Glocal alignment: tìm trong rearrangements alignment. Tin sinh học. 2003, 19 Suppl 1, i54-62. . doi: 10.1093/bioinformatics/btg1005. PMID 12855437.
- ↑ Núi DM.: Tin sinh học: Genome Sequence Phân tích và 2nd ed .. Phòng thí nghiệm lạnh mùa xuân Cảng Báo chí: Điện Lạnh Cảng mùa xuân, NY., 2004. ISBN 0-87969-608-7.
































