Ta oddelek zahteva finega uravnavanja v skladu s priporočili edycyjnymi.
Potreb za izboljšanje: nepopolne spodbujanje en.wiki, niepolskie opombami, ki niso v besedilo.
Bolj podrobne informacije o tem, kaj mora izboljšati, se zgodi, lahko najdete na strani za razpravo o tem članku iz finega uravnavanja
Ko ste prišel ven pomanjkljivosti v vrhu, prosim, ne dovoljujejo modela (()) trima iz šifranta tega člena.
V bioinformatyce, da prilagodi zaporedje je način, da se bo ujemala s primarno strukturo DNA, RNA, beljakovine ali za določitev regij kažejo, vzporednost, ki so lahko posledica funkcionalne, strukturne ali evolucijska razmerja med zaporedji. Urejeni zaporedji nukleotidov ali aminokislin so ponavadi predstavljeni v matriki vrstice. Ostalo so vpisana v sredini mir, pravico, da se preostali del zaporedja podobna vsaki drugi obliki naslednjem stolpcu.
Match zaporedje, v bližini pomoči programa ClustalW, dveh človeških beljakovin s cinkovim prstom motiv. (Slika: Zinc-prst-seq-alignment2.png)
Če se zakonca se ujema z zaporedji imata skupne rodu, neusklajenosti lahko razume, kot da so točkovne mutacije in odmore kot indele (mutacije ali izbris insercji), ki se je zgodila v eni ali dveh vrsticah od takrat, ko oba poskromiony delitve. V primeru ujemanja sekvenc za proteine, aminokisline sredi obseg podobnosti, vključenih v posebno postavko, če je vzpostavila surove ukrepa, kadar je konzervativno ni določena ali spodbudo. Odvzemom ali nadomestno udeležbo le konzervativne zamenjave (tj pretvorbo ostalo v drugo, ampak s podobnimi kemičnimi lastnostmi), v posebnem zaporedju v regiji, kažejo, da je pomembno strukturno in funkcionalno. Ujemanje po vrstnem redu, verjetno treba uporabiti, da shranite zaporedje bioloških, kot so finančni podatki ali zaporedje najti v naravnih jezikih.
Zelo kratka ali zelo podobnih zaporedij je lahko izravnana z roko. Toda zelo pogosto je treba primernost številnih zelo dolg in variabilen zaporedij, ki ne morejo biti usmerjena samo na, in samo napora človeka samega. V zameno, sev, se vključi v operativne algoritme, ki omogočajo visoko kakovostne ujemanje, ali je uvedba sprememb, ki se pridobiva v izhodne rezultate (zlasti v primeru nukleotidnih zaporedjih). Na splošno je pristop za računalništvo ujemanje zaporedij lahko dveh vrst: lokalne in globalne tekme tekme. Izračun lokalnih tekmo je oblika globalne optimizacije, ki jih je treba hraniti v primernost ju preveva celoten odsek analizirajo vse zaporedij. V nasprotju s prilagajanjem lokalne opredeliti podobne regije v dolgo zaporedje, ki - ki štejejo kot celota - ni nujno, uzewnętrzniać znatne podobnosti. Ujema se ponavadi raje lokalne, čeprav je njihov račun je lahko težje, zaradi dodatnih provokacija določitev regij, ki izkazujejo skladnost. Različnih algorymy so bili uporabljeni za zaporedje tekem, vključno s počasnim, vendar formalno optimizacijo metode, medtem ko načrtovanje dinamično, tudi metodični učinkovite AZALEA probablistyczne oblikovani za široko paleto celovitih iskanja zbirk podatkov.
Vsebina
/ /
Načinih za predstavitev na
Ujema se pogosto predstavljeni tako grafično, kdaj in obliko besedila. V skoraj vseh načinov, da predstavi ujemanje zaporedij so shranjeni v vrsticah, v resnici organiziranih v preostalem delu se ujemajo z obliko v naslednjem stolpcu. Formati besedilo, ki ustreza stolpcu vsebujejo enake ali podobe simbolov (ostalo), so označena z žigom konserwatywności navede tudi znesek. Ko na zgornji sliki obroček (ewnentualnie navpični vrstici "I"), se uporabljajo, z namenom slediti identiteto obeh zaporedij v danem položaju; manj pogosto uporabljajo simboli so dvopičje povedati konzervativne zamenjave in Mozoljem na podstawień semikonserwatywnych. Neštetih programov wizualizujących zaporedij z uporabo barv, da z ustreznim spoštovanjem dostojanstva zadevnega posameznika elementov zaporedja. V primeru pomanjkanja DNA in RNA v končni fazi za dodelitev vsake nukleotydowi drugo barvo. V dopasowniach zaporedje beljakovine, medtem ko je rycinie, se barvami se pogosto uporabljajo za oznczenia lastnosti aminokislin, zaradi česar je lažje oceniti konserwatywności zamenjave. V primeru večkratnih ujemanje zaporedij, je pogosto zadnja vrstica zaporedje konsensusową; string konsensusowa je prav tako pogosto predstavijo grafično, v obliki dveh zaporednih blagovne znamke, v kateri ima premer od vsakega nukleotidov ali aminokislin določitev črk ustreza stopnji njenega ohranjanja.
Ujemanje zaporedij se lahko shranijo v različne datoteke v besedilni obliki, v kateri je bila razvita na niemiara v povezavi s posebnim programom, da bi se vklopila.
Match globalnih in lokalnih
Ilustracija globalnih in lokalnih tekmah, ki kaže prekinitve dopasowaniach svetovni verjetno, da stojijo, kot je zaporedij, niso v zadostni meri podobni
Match po vsem svetu, vključno s popolno profil vseh zaporedij, je najbolj uporabno, kot zbrati sekvence so podobne in podobni deli. (To ne pomeni, da čeprav se morda ne ujema s koncem globalnega prekinitev). Splošni Znanost globalnih tehničnih tekmo je znano kot vzorec Needlemana-Wunsch in temelji na dinamičnem programiranju. Lokalno se ujemajo z večjo intenzivnostjo, so koristne za zaporedij, ki ni pokazala večje podobnosti v celoti, za katerega obstaja sum, da vsebujejo podobne subsekwencje AZALEA motywy.Algorytm Smith-Watermana je splošna tehnika za lokalno tekmo, ki temeljijo na dinamičnem programiranju. V primeru iz zaporedja podobnih dovolj, rezultatov tekem globalni in lokalni ravni so enaki.
Mešani metodo, znano kot semiglobalne poskuša odkriti najboljšo možno ustreznost, vključno s prvo pravilo in propad ene ali druge v zaporedju. So lahko izredno koristna, medtem ko čast 3 'koncu zaporedja na eni strani 5' konca drugega zaporedja. V tem primeru, niti svetovni niti lokalni ustreznosti je v celoti ustrezne metode za globalne starałoby prisiliti ujemanje oprijem na regijo, razen za območja, ki se prekrivajo, v okviru lokalnih tekmo ni mogel v celoti zajemajo regije, ki se prekrivajo.
Prilagoditev z zaporedjem
Metode, ki jih uporabljajo sekvenc ujemanja, da poišče najboljše ujema z lokalno ali globalno analizirali dva zaporedij. Te metode se lahko uporabijo, da se bo ujemala z dveh vzporednih zaporedjih, vendar pa njihov izračun deluje dobro in se pogosto uporablja, kadar ni potrebe po visoki točnosti (na primer med iskanjem v podatkovni bazi zaporedje z znatnim homologii izraze našega zaporedij. Trije glavni pristop k ujema z zaporedjem Matrix metoda, načrtovanje in dinamične metode "K" - vrstic (metod, ki temeljijo na besedah). Metode ujemanje veliko zaporedij, ki se lahko uporabljajo in da se bo ujemala z odst. V vsakem primeru, kateri koli od metod ima svoje šibke močna in okolica, vse tri tekme, ki jo zaporedje metode imajo težave verjetno repetytywnymi zaporedij z nizkimi zneski podatkov - zlasti kadar se je obseg ponovitev v dveh zaporedij so različne. Eden od načinov za izražanje količinske użyteczneości se ujema par zaporedje je "največja edinstveno tekmo", alias najdaljšo subsekwencja, ki se pojavlja v tako ujemanje zaporedij. Daljša navadno odražajo tesnejši odnos.
Metode Matrix
DNK dot plot vsebujejo človeški faktor transkrypcyjnego vzrok cinka prste (GenBank ID NM_002383), kar kaže na regionalni samopodobieństwo. Glavni diagonalni prilagoditev sedanje zaporedje, ki sama po sebi; linij glede na svoje sedanje repetetywne morebiti vzpostavili podobni vzorci v zaporedju.
Matrix, ki zagotavljajo družine tekmah za vsako regijo, v zaporedju, je linearna enostavne kvalitativna pristop, vendar pa rezultati rezanja v velikem obsegu je zamuden. Nekatere funkcije zaporedje - ko je vnos, izbris, ponovitev enostavne obrnil AZALEA - so jasno vidne na grafični Matrix ponazoritve. Vizualizacija gradnji takega, razen naših dveh zaporedij, ki v prvi vrstici in prvem stolpcu, dvodimenzionalno matriko matrike. V ustreznih enaka / podobna stališča v dveh zaporedij, ki se dajejo na Pega. Nekatere izvedb razlikovanje med premerom ali intenzivnosti pik v razmerju med stopnjo podobnosti v stališčih, ki je dovoljena substitucije razlikuje višje in manj konzervativen. V primeru izredno podobne zaporedje na matrico pike razporejene v eni sami vrstici poleg glavnega prostora.
Taka lahko postane matrice, ki se uporabljajo za oceno repetytywności enotnega zaporedja. V tistem času, v istem nizu je shranjeno v prvi vrstici / stolpcu, in področjih z znatnim podobnosti poleg tega, da bodo glavne smernice tvorijo viden. V takšni situaciji, s katerimi se soočamo, ko je protein, sestavljen iz mnogih strukturno podobnih področjih.
Dynamic Planning
Tehnika Dinamično programiranje verjetno treba uporabiti za tekmo svetovnega projekta Needlemana-Wunsch, lokalni ujemajo z razporedom Smith-Watermana. Značilno je, da se ujemajo z uporabo beljakovin domovinsko nadomestitve, vključno s sodelovanjem enake aminokisline in razne zamenjave za zadetek, in o kaznih za odmore, tj podobnost zaporedja aminokislin iz ene od przwerwą v drugem. Ujemanje DNA in RNA lahko krme države njegovega otroštva let, vendar pogosto preprosto pripisuje stroškom dopasowaniom je pozitivna, negativna niedopasowanio, kot je določeno zgoraj, je za odmor.
Dinamično programiranje so lahko koristne v bližini ujemanje nukleotidnega zaporedja beljakovin zaporedje, ki ga je mogoče ovira obveznost, da se mutacije povzročajo spremembe obravnava okvir (ali vstavitve črtano). Metode framesearch povzročila vrsto globalnih ali lokalnih ujemanj v zaporedju - nukleotidnega zaporedja iz preiskave in je iskal niz beljakovin zaporedij, ali obratno. Kakorkoli že, ta postopek je zelo počasen, je koristno za zaporedij, ki vsebujejo indeli zaklad, ki se zelo težko verjetno, da se prilagodijo, ko boste pripravljeni za uporabo na višji stopnji, učinkovite metode metodični. V praksi te metode je potrebna velika sila ali obliczniowej sistem, ki je sistem za načrtovanje dinamično.
Opombi
- ↑ Schneider TD, Stephens RM. Zaporedje logotipi: nov način prikaza poravnave zaporedij. Nukleinske kisline Res. 1990, 18, 6097-6100. . doi: 10.1093/nar/18.20.6097. PMID 2.172.928.
- ↑ umazane M, Maldá S, A Poliakov, za CB, Couronne O, Dubchak I Batzoglou S. Glocal usklajevanja: iskanje Pregrađivanje v času prilagajanja. Bioinformatika. 2003, 19 Suppl 1, i54-62. . doi: 10.1093/bioinformatics/btg1005. PMID 12.855.437.
- ↑ Mount DM.: Bioinformatika: Zaporedje genomu in Analysis 2nd ed .. Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY., 2004. ISBN 0-87969-608-7.
